Algunos Pokémon tienen una habilidad especial que puede serte útil en la captura. Las habilidades especiales son:
Transformación: Ditto puede transformarse en cualquier Pokémon, facilitando su alineación con cualquier otro Pokémon. Tiene la costumbre de caer en las fases finales de un Frenesí, ayudando a realizar los últimos Combos. Sin embargo, es un arma de doble filo ya que puede adelantar los acontecimientos alineándose con Pokémon que no te interesen en ese momento.
Curación: Esta habilidad recupera la energía de tu área de juego, permitiéndote resistir mejor los ataques del Pokémon rival.
Detención: Esta habilidad paraliza al Pokémon rival temporalmente.
Fuerza 5: Esta habilidad aumenta el poder de los ataques múltiples de 5 Pokémon.
Fuerza 6: Esta habilidad aumenta el poder de los ataques múltiples de 6 Pokémon.
Manitas: Esta habilidad restaura parcialmente el muro en la pantalla de arriba.
Poder Latente: Esta habilidad aumenta el dańo si tienes el 50% de energía o menos.
Fuerza Bruta: Esta habilidad permite al Pokémon hacer dańo neutral a Pokémon que resisten su tipo.