Al contrario que se predecesor Pokémon Rumble, Super Pokémon Rumble cuenta con una historia que se compone de 5 capítulos a través de los cuales irás conociendo las distintas zonas de juego y modos de combate. A continuación tienes un resumen de la historia, con las escenas de vídeo más importantes (gracias a Giancarlo por los vídeos, aquí tienes todos).
Capítulo 2: La desaparición de las Gotas de Luz: Una nueva escena vuelve a mostrar a Cobalion explicando el poder de las Gotas de Luz. Al llegar a la Aldea del Este, véis a Krookodile y los suyos robando las Gotas de Luz mientras atacan a los Pokémon que les hacen frente. Tu misión es perseguir a Krookodile y sus secuaces por las zonas del segundo nivel (Ribera Frondosa - Ribera Brumosa - Ribera Tranquila - Lago Destello) hasta alcanzarle.
Te pones a seguirlos y en tu camino un Gurdurr te informa de que el Manantial de Luz puede reponer las Gotas de Luz del pueblo. Al llegar a la fuente en Lago Destello, Cobalion os sale al paso y os reta a una batalla. Cobalion os derrota en dos golpes y se lleva todas las Gotas de Luz.