Modo Salvaje: Deberás ir atravesando varias zonas en que te aparecerán Pokémon que derrotar, cuya dificultad se irá incrementando paulatinamente hasta llegar al jefe de zona.
Bosque Tranquilo | Pradera Fría | Cueva Rocosa | Caldera Ardiente | Playa Soleada | Torre Eterna
Se trata de un modo esencial para poder acceder a Pokémon más poderosos: te permitirá ganar experiencia, reclutar a otros Pokémon derrotándolos y conseguir monedas. Sencillamente ataca con los botones 1 y 2 (modo horizontal) o A y B (modo Nunchuck) y trata de derrotar a todos los Pokémon que puedas. Algunos de ellos arrojarán monedas, objetos e incluso te permitirán que los reclutes para tu equipo.
Al final de la zona se encuentra el gran jefe: Se trata de un Pokémon mucho más grande que el resto y con una mayor variedad de ataques. Para acabar la zona deberás derrotarle. Los jefes de zona confirmados son Articuno, Empoleon, Regigigas, Gyarados, Marowak y Heatran.