Al contrario que se predecesor Pokémon Rumble, Super Pokémon Rumble cuenta con una historia que se compone de 5 capítulos a través de los cuales irás conociendo las distintas zonas de juego y modos de combate. A continuación tienes un resumen de la historia, con las escenas de vídeo más importantes (gracias a Giancarlo por los vídeos, aquí tienes todos).
Capítulo 1: ˇBattle Royale!: Los Juguetes Pokémon han vuelto a la Aldea de los Juguetes, donde un Lillipup os explica las diferentes cosas que se pueden hacer en la Aldea de los Juguetes. Al llegar a la Fuente de la Luz, descubrís que las Gotas de Luz han sido robadas del pueblo, y todo el mundo acusa a Pawniard. Tu misión es perseguir a Pawniard y sus secuaces por las zonas del primer nivel (Campo de Partida - Camino de la Brisa Marina - Valle del Eco - Llanura de los Valientes) hasta alcanzarle.
Pawniard os reta a superar el Battle Royale, y cuando llegues a las semifinales del Battle Royale de la Llanura de los Valientes, te enfrentarás a Pawniard. Pawniard entonces dice que él no ha robado las Gotas de Luz pero que ha visto a un grupo de Pokémon liderado por un Krookodile haciéndolo, y que ahora se dirigen a la Aldea del Este. Los habitantes de la Aldea de los Juguetes te ayudan a llegar a la Aldea del Este.