Pokémon Sol y Luna presentan las siguientes diferencias:
Hora del Juego
Existe una diferencia de tiempo entre ambos juegos. Excepto en algunas escenas, la hora en Pokémon Sol y Pokémon Luna está ligada al tiempo real. Pokémon Sol se sincroniza con el reloj interno de tu consola Nintendo 3DS, pero en el mundo de Pokémon Luna hay una diferencia de 12 horas.
Pokémon
Algunos de los Pokémon que aparecen en Pokémon Sol y Pokémon Luna son distintos. Los principales Pokémon: Solgaleo y Lunala, claves en el desarrollo de la historia, también difieren de un juego a otro.
075 Rufflet
076 Braviary
087 Cottonee
088 Whimsicott
104 Lycanroc Forma Diurna (evolucionando a Rockruff, pero sale salvaje)
177 Passimian
188 Cranidos
189 Rampardos
194 Tirtouga
195 Carracosta
224 Turtonator
253 Vulpix de Alola
254 Ninetales de Alola
291 Solgaleo
294 Buzzwole
298 Kartana
077 Vullaby
078 Mandibuzz
085 Petilil
086 Lilligant
104 Lycanroc Forma Nocturna (evolucionando a Rockruff, pero sale salvaje)
176 Oranguru
190 Shieldon
191 Bastiodon
192 Archen
193 Archeops
244 Turtonator
251 Sandshrew de Alola
252 Sandslash de Alola
292 Lunala
294 Pheromosa
298 Celesteela
Pokémon Dominantes
Durante el Recorrido Insular te encontrarás determinados Pokémon que reciben el nombre de Pokémon Dominante. Estos superan en tamańo al resto de sus congéneres y su cuerpo está envuelto en un aura especial.
En la Cueva Sotobosque de Isla Melemele el Pokémon Dominante es distinto según la versión: En Pokémon Sol se trata de Gumshoos y sus compańeros Yungoos. En Pokémon Luna, el Pokémon Dominante es un Raticate de Alola, que llama a su vez a Rattata de Alola.
Ultraentes
Los misteriosos Ultraentes también aparecen en función del juego: