Al contrario que se predecesor Pokémon Rumble, Super Pokémon Rumble cuenta con una historia que se compone de 5 capítulos a través de los cuales irás conociendo las distintas zonas de juego y modos de combate. A continuación tienes un resumen de la historia, con las escenas de vídeo más importantes (gracias a Giancarlo por los vídeos, aquí tienes todos).
Capítulo 5: La última contienda: Por fin llegáis a la Aldea de la Torre, un pueblo que se encuentra en la base de la gran torre. En el pueblo Cobalion vuelve a salirte al paso, pero esta vez para reconciliarse contigo y unirse a tu equipo.
Pero la batalla final se acerca al llegar a la Base del Pilar del Mundo. Debes derrotar primero a numerosos Pokémon con la ayuda de tus aliados, derrotando a los legendarios Groudon, Palkia o Zekrom. Al final deberéis derrotar al malvado Pokémon que estaba detrás del control de los demás Pokémon... sólo que no es un Pokémon, es la llave maligna conocida como Oxidoscuro. Pero a una llave sólo la puede derrotar otra llave... Cobalion se sacrifica para debilitar a Oxidoscuro, y entonces acabas con ella. Las Gotas de Luz vuelven a las fuentes de todos los pueblos
Las Gotas de Luz vuelven a las fuentes de todos los pueblos y los efectos de Oxidoscuro se desvanecen, perdiendo el control de todos los Pokémon. Pero Cobalion ha caído por salvaros a todos.
