Al contrario que se predecesor Pokémon Rumble, Super Pokémon Rumble cuenta con una historia que se compone de 5 capítulos a través de los cuales irás conociendo las distintas zonas de juego y modos de combate. A continuación tienes un resumen de la historia, con las escenas de vídeo más importantes (gracias a Giancarlo por los vídeos, aquí tienes todos).
Capítulo 4: El Pilar del Mundo y el secreto de las Llaves Asombrosas: Tras derrotar a Zorua y Zoroark alcanzas a Cobalion, que dobla la Llave Asombrosa y derrota a tus Pokémon antes de dirigirse al norte. Tras recuperar energías en la Aldea del Norte, un Elgyem decide ayudarte y te indica que vayas al Santuario de las Llaves al este de Tundra Helada. Tras superar el Battle Royale del Santuario de las Llaves, el jugador se hace con una Llave del Santuario, que sustituye a la Llave Asombrosa. Tu misión ahora es superar los otros Battle Royale para abrir el Sendero de los Héroes. Para ello debes ir derrotando las diferentes fortalezas de que dispone Cobalion en las zonas Llanura Helada, Valle de la Primavera Eterna, Playa Soleada y Confines.
Tras superar las cuatro Battle Royale y abrir el Sendero de los Héroes, alcanzas a Cobalion y sus secuaces abriendo el Pilar del Mundo con las Gotas de Luz. En la última fortaleza de la zona Confines os vuelve a salir Cobalion al paso, pero en esta ocasión ya eres lo suficientemente fuerte como para derrotarle en batalla. Pero es demasiado tarde, puesto que el malvado Oxidoscuro se ha activado, provocando el deterioro de los secuaces de Cobalion para así dominarlos y crear su Ejército Óxido.
